福建商专会计专业是我校设立最早的专业之一。百年商专，初创于1906年，成形于“三商合并”。“三商”中的“福州私立青年会商业职业学校”，于1933年新设商科专业班，初中部开设“簿记”课程；“三商”中的“福建省立高级商业职业学校”，于1940年在福建南平创立，开设会计科等四个专业；“三商”中的“福州市立初级商业职业学校”于1942年创立，建校初期只设初中部普通商业班（即商业会计），学制三年。会计专业在八十多年的办学历程中，始终秉持“商科”的办学传统，注重会计专业实践技能的培养及应用，重视学生职业素养和道德品行的培养，形成了深厚的历史积淀。早在“青商”时期，坚持“学以致用”的精神，开办实习银行和实习商店增强学生动手能力；在“福建省财政贸易学校”时期，针对会计专业提出“三手一口”即一手好字、一手好文章、一手好算盘和一口流利普通话的基本素质要求，并倡行“精讲多练，少而精教学”方法；在“文革”后期学校复办时期，专业办学实行“重三基、讲实践”的理念。

    迄今，会计系设有会计、审计、税务（企业会计与税务）3个专业，在2012、2013年福建省高职院校人才培养质量评价中均位列全省第一；2012年会计专业获批福建省高等职业教育示范专业。毕业生就业率均超过97%；2012年获第六届全国商科院校技能大赛财会专业竞赛福建省赛团体第一名； 2013年获福建省职业院校技能大赛（高职组）会计技能项目个人一等奖；2015年获福建省高职院校技能大赛（高职组）会计技能比赛团体“第一名”；用人单位对学生的能力和素质满意度达100%。

    会计系师资力量雄厚，年龄结构合理。截止2015年底，会计系已形成一支由32名专任教师、16名企业兼职教师构成的师资队伍。专任教师中，教授5名，副教授8名，高级讲师及高级会计师5名，具有硕士学位30名（其中含博士学位1名）；年龄在40岁以下的有11名，40－49岁14名，50岁以上7名。具有注册会计师、高级会计师、会计师、理财规划师等双师素质教师20名。近三年，获得校、厅、省级各类课题18项、横向合作项目20项；在核心期刊、省级或省级以上刊物发表专业学术论文近百篇；出版校企合作开发教材12部。2009年荣获省级;教学团队;；2名教师荣获省级;教学名师;奖。毕业论文改革项目获省级教学成果二等奖。